openMPのオプション指定

#pragma omp parallel for shared(isStopped,alpha,bestParallelPV,flag)

を

#pragma omp parallel for orderd schedule(dynamic) shared(isStopped,alpha,bestParallelPV,flag)

に変えました。
これで、並列ループ計算が、オーダー準拠で、CPU割り当ても最適化されるんでしょう。
ベンチマークをとってみましたが、
並列化をやると毎回npsが変動するので、効果はよく分かりませんねえ。
10回ぐらいベンチとって平均を出せば効果が判るかもしれませんが……